La basilique mérovingienne résulte d'au moins deux agrandissements de l'église primitive. Dans son dernier état, l'édifice s'étend sur près de 60 m de longueur. Il présente une nef flanquée de galeries et dotée, en façade, d'un vestibule. C'est dans le premier agrandissement de cette basilique que Michel Fleury Michel Fleury
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archiviste-paléographe, vice-président de la Commission du Vieux Paris ; de 1965 à 1982, directeur des Antiquités historiques de l'Île-de-France. Il a assumé la direction des fouilles du parvis de Notre-Dame, de la nécropole de la basilique de Saint-Denis et de la Cour carrée du Louvre. découvre, en 1959, la tombe de la reine Arégonde. Cette tombe était la mieux conservée de la nécropole aristocratique qui se caractérise par des sarcophages essentiellement en pierre et un mobilier funéraire somptueux.

Au nord de la basilique, s'est développée une vaste nécropole aux sarcophages en plâtre. Les fouilles de l'Unité d'archéologie y ont mis au jour plus de deux cents tombes mais on peut supposer que l'aire funéraire en comptait originellement près de deux mille. Les dépôts de mobilier funéraire pratiqués dans ces tombes de la nécropole extérieure à la basilique indiquent une population de condition relativement privilégiée.

À la périphérie de ce cimetière sont construites au moins trois églises connues ultérieurement sous les vocables de Saint-Barthélemy, Saint-Pierre et Saint-Paul. Les édifices étaient reliés entre eux par des galeries qui pouvaient se présenter sous forme de portiques couverts aux ouvertures latérales. Églises et galeries étaient ornées intérieurement de stucs et d'enduits, peints en jaune et rouge, comme en témoignent plusieurs fragments découverts en fouille. Plusieurs chapiteaux et colonnettes peuvent également s'y rapporter.

Cet ensemble monumental a, dès l'origine, une fonction funéraire comme l'indiquent les sarcophages installés dans presque toutes les pièces et galeries. Sur le plan juridique, ce cadre architectural qui délimitait l'aire sacrée du cimetière bénéficiait du même droit d'asile que la basilique ; les sources écrites de l'époque le désignent par le terme atrium atrium
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dans l'architecture des premiers chrétiens, cour entourée de portiques placée devant la façade de l'église. À Saint-Denis la nécropole entourée de galeries semble avoir joué ce même rôle de lieu de passage obligé pour accéder à la basilique..

Toutes ces églises sont desservies par une communauté de clercs qui se voit dotée, sous le règne de Dagobert Ier (629-639) de divers privilèges et franchises lui permettant d'organiser la circulation des biens dans son vaste domaine. Les religieux ont toujours considéré ce roi comme leur bienfaiteur et on attribue à son orfèvre, Éloi, l'embellissement du tombeau de saint Denis, lorsque celui-ci est érigé au rang de patron particulier du royaume. En choisissant la basilique pour dernière demeure, Dagobert confère à Saint-Denis le statut de nécropole royale. Clovis II (639-657) crée la foire de la Saint Denis. Par la suite, son épouse, la reine Bathilde affranchit Saint-Denis de la tutelle de l’évêque de Paris et fixe les statuts juridiques de la première communauté monastique. On peut supposer que les moines étaient installés dans des bâtiments situés au sud de la basilique.

Il demeure extrêmement difficile d'évaluer l'importance de l'habitat qui entourait la nécropole. Les fouilles ont surtout permis de reconnaître la trace d'artisans qui travaillaient le métal.

Non loin de la basilique l'archéologie a révélé trois autres nécropoles de taille plus modeste. Deux d'entre elles ont pu être dotées, dès l'origine, d'églises : Saint-Martin-de-l'Estrée et
Saint-Remi; mais il est encore difficile de circonscrire les agglomérations qui ont dû
y être associées.

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